氰細菌門的生物稱為藍綠藻(blue-greenalgae)，或藍藻，。它們都是單細胞生物，構造與細菌相似，都是原核細胞。細胞中沒有細胞核及帶膜的胞器(membranousorganelles)。也沒有線粒體(mitochondrion)，呼吸作用都在細胞膜上的間體(mesosomes)上進行。

 

藍綠藻多自行獨立生活，行自營式營養法。進行光合作用的葉綠素與一般植物細胞所用者有不同。它帶有葉綠素a，胡蘿蔔素(caroatenes)，花青素(xanthophyll)，biloproteins,C-phycocyanin及C_phycoerythrin等等。色素可由于不同的色素比率而有差異，也可由表面膠質層(gelatinouslayer)中含有色素而產生。部份更可進行固氮作用(nitrogenfixation)，把空氣中的氮固定成為硝酸鹽。

 

儲存物質包括cyanophycin(一種蛋白質)，油及cyanophyceanstarch(藍綠藻淀粉〉等等。

 

藍綠藻可生存在水洼等惡劣環境中。以胞子散播，水乾后胞子隨風飄散。所以常是陸地生態演替(succession)的拓荒者(pioneeringplant)。在潮濕的情況下，可進駐堅硬的巖石。一方面侵蝕巖石以獲得礦物質，另一方面可進行光合作用以合成有機營養。在環境得到改善后，其他生存條件要求較高的植物才可以在這環境中立足。

 

海水中也有大量的藍綠藻存在，它們可生長到水深200米的深處，所以又稱為海水中看不見的森林。它是氧氣與二氧化碳平衡及進行互相轉換的媒體，使空氣中氧氣與二氧化碳的平衡不容易被改變。